Pendidikan yang diselenggarakan di Indonesia memandang adanya perbedaan kelas dalam hal biaya pendidikan. Lembaga pendidikannya pun dibeda-bedakan sesuai dengan kualitas yang berpengaruh kepada biaya pendidikannya dalam semua jenjang pendidikan. Masalah yang menyangkut biaya pendidikan di Indonesia dalam berbagai jenjang adalah pendidikan yang berkualitas berarti mahal biaya pendidikannya. Masalah ini menyebabkan masyarakat yang dirasa tidak mampu tidak dapat mengenyam pendidikan di lembaga pendidikan yang berkualitas sehingga masyarakat kurang mampu hanya dapat mengenyam pendidikan yang kurang berkualitas di lembaga pendidikan biasa. Seharusnya pendidikan yang berkualitas di Indonesia itu berlaku untuk seluruh warga negara tanpa terkecuali bukan hanya golongan-golongan atas saja. Padahal Pendidikan di Indonesia merupakan Hak asasi yang harus dipenuhi dari lembaga atau institusi yang menyelenggarakan pendidikan yang diberikan secara merata. Mengingat pentingnya pendidikan untuk semua warga, sehingga posisinya sebagai salahsatu bidang yang mendapat perhatian serius dalam konstitusi Negara kita, dan menjadi salah satu tujuan didirikannya Negara Republik Indonesia. Oleh karena itu Negara dalam hal ini pemerintah wajib menyelenggarakan pendidikan secara murah dan bahkan gratis untuk masyarakatnya. Banyak faktor penyebab mahalnya biaya pendidikan akibat kebijakan lembaga pendidikan ataupun pemerintah yang harus ditangani agar terjadinya pemerataan pendidikan di Indonesia. Dampaknyapun sangat serius bagi kualitas SDM di Indonesia sehingga harus adanya kebijakan atau tindakan yang tepat untuk mengatasi masalah biaya pendidikan yang tidak merata ini.
Penerapan MBS (Manajemen Berbasis Sekolah). MBS di Indonesia pada yaitu upaya untuk melakukan mobilisasi dana. Karena itu, Komite Sekolah atau Dewan Pendidikan yang merupakan organ MBS ditandai dengan adanya unsur pengusaha. Dalam hal ini pengusaha memiliki modal yang lebih luas dan besar. Hasilnya, setelah Komite Sekolah terbentuk, pengusaha mengontrol sekolah dengan melakukan segala pungutan uang selalu berkedok, atsa nama sesuai keputusan Komite Sekolah. Namun, pada implementasinya ia tidak transparan karena yang dipilih menjadi pengurus dan anggota Komite Sekolah adalah orang-orang dekat dengan Kepala Sekolah. Akibatnya, Komite Sekolah hanya menjadi legitimator kebijakan Kepala Sekolah, dan MBS pun hanya menjadi legitimasi dari pelepasan tanggung jawab negara terhadap permasalahan pendidikan rakyatnya.
Munculnya sekolah unggulan, sekolah plus, Sekolah Standar Nasional (SSN) dan Sekolah Berstandar Internasional (SBI), sekolah dapat leluasa meminta sumbangan ke wali murid berkedok untuk meningkatkan mutu pendidikan. Namun SBI akhirnya dihapus berkat keputusan Mahkamah Konstitusi (MK). Pada pensatusan sekolah ini terjadi diskriminasi antar sekolah dimana murid yang berasal dari sekolah inilah yang mudah diterima di perguruan tinggi negeri dan sekolah-sekolah yang standar sangatlah susah menembus perguruan tinggi negri. Wajar saja karena sekolah yang mempunyai status unggulan mengenakan biaya pendidikan yang setimpal dengan kualitasnya dan banyak dihuni oleh orang yang punya uang saja. Di sisi lain orang yang tidak mampu tersisihkan dalam hal pendidikan di lembaga berkualitas, padahal banyak dari mereka mungkin memeiliki potensi yang besar dalam pendidikan.
Adanya RUU tentang Badan Hukum Pendidikan (RUU BHP). Berubahnya status pendidikan dari milik publik ke bentuk Badan Hukum jelas memiliki konsekuensi ekonomis dan politis amat besar. Dengan perubahan status itu Pemerintah secara mudah dapat melemparkan tanggung jawabnya atas pendidikan warganya kepada pemilik badan hukum yang sosoknya tidak jelas. Perguruan Tinggi Negeri pun berubah menjadi Badan Hukum Milik Negara (BHMN).
Lembaga atau Institusi yang bertanggung jawab pada masalah biaya pendidikan adalah pemerintah, masyarakat atau pihak yang menyelenggarakan pendidikan itu sendiri. Dalam UUD 1945 pasal 36 jelas disebutkan tentang masalah tersebut. Pada ayat 1 disebutkan biaya penyelenggaraan pendidikan di satuan pendidikan yang diselenggarakan oleh pemerintah menjadi tanggungjawab pemerintah. pada ayat 2 disebutkan biaya penyelenggaraan kegiatan pendidikan pada satuan pendidikan yang diselenggarakan oleh masyarakat menjadi tanggungjawab badan/perorangan yang meyelenggarakan satuan pendidikan. Kemudian pada ayat 3 disebutkan bahwa pemerintah dapat memberi bantuan kepada satuan pendidikan yang diselenggarakan oleh masyarakat sesuai dengan peraturan yang berlaku. Dalam uraian diatas bukan berarti biaya pendidikan dibebaskan dan di tanggung semuanya oleh pemerintah, tetapi untuk yang ingin mengenyam pendidikan tetapi juga harus disertai dengan tanggung jawab dari pihak masyarakat dalam hal ini khususnya keluarga yang berkewajiban membayar biaya pendidikan. Namun, karena adanya wajib belajar di Indonesia sampai sekolah menengan Pertama (SMP) maka pemerintah seharusnya bertanggung jawab penuh dalam menangani biaya pendidikan sampai beres wajib belajar itu dengan biaya gratis. Wajib belajara diselenggarakan sesuai dengan sesuai dengan Undang-Undang no. 2 tahun 1989 bahwa ketentuan wajib belajar di negara kita sampai pada sekolah menengah tingkat pertama.
Sebenarnya yang faktor dapat menjamin masa depan adalah pendidikan yang berkualitas. Seharusnya pendidikan berkualitas di negara indonesia diselenggarakan di semua lembaga pendidikan tanpa terkecuali dan berlaku untuk seluruh warga negara. Sejatinya seluruh warga negara mempunyai hak atas pendidikan yang berkualitas, tetapi kenyataannya hanya golongan tertentu sajalah yang dapat menikmati pendidikan berkualitas tersebut sehingga banyak orang yang kurang mampu hanya bisa menikmati pendidikan yang biasa saja. Hal tersebut tentunya sangat berdampak terhadap kualitas SDM di Indonesia, sekarang saja SDM Indonesia tidak merata atau tidak adanya keseimbangan antara yang memiliki kualitas skill tinggi dan yang sebaliknya. Dengan hal tersebut output dari dunia pendidikan untuk bangsa Indonesia masih sedikit untuk yang benar-benar berkualitas. Seharusnya jika semua warga negara yang masih dalam tahap mengenyam pendidikan diberikan pendidikan berkualitas juga. Lama kelamaan bangsa Indonesia akan terpuruk jika hal ini terus terjadi jika dibandingkan dengan negara tetangga saja Indonesia masih kalah dalam hal output pendidikan yang berkualitas. Hal tersebut jelas di sebabkan karena adanya kualitas pendidikan yang belum memadai karena biaya pendidikan yang mahal juga.
